Cependant, il arrive que le trajet des alizés se modifie entre janvier et mars, bouleversant cette circulation équilibrée des eaux
chaudes du courant équatorial et l'upwelling. Les
cumulo-nimbus s'installent alors au large de l'Amérique Latine. D'importantes précipitations s'abattent sur la côte ouest du Pérou, les cyclones se déchaînent en Polynésie, tandis que l'Indonésie s'assèche. Cette bascule du système atmosphérique est appelée "oscillation australe" par les météorologistes.
En effet, tous les trois ou quatre ans, pour une raison inconnue, se produit un réchauffement plus important (qui dure entre 14 et 18 mois) et plus étendu des eaux du centre et de l'est du Pacifique équatorial.
Sur la vaste surface d'eau chaude, se forme alors une dépression atmosphérique chargée d'air très humide et provoquant des pluies torrentielles. Ce dérèglement océanique est donc appelé El Niño.
Et cette intéraction entre la dynamique océanique et atmosphérique est nommée el Nino-oscillation australe (ENOA). Lorsque la situation revient à la normale, on parle alors de la Nina.