Nous n'avons découvert, pour l'instant, que 5% de la biodiversité des profondeurs, traduisant un taux d'endémisme très élevé. Bien que la biomasse des abysses ne représente pas plus d'1g/m2 (contre 5 kg/m2 en surface), une quarantaine de nouvelles espèces sont recensées toutes les semaines ! Sans oublier que 50 à 90% des spécimens remontés dans les filets des expéditions scientifiques sont encore non répertoriés. Suivant les estimations, il resterait encore 10 à 30 millions d'espèces à découvrir...Et le malheur reste la destruction de certaines avant même d'être connues.

Les poissons pêchés par l'intermédiaire de filets surdimensionnés ne servent pas à nourrir des milliers de personnes qui en auraient besoin mais alimentent plutôt un marché de luxe très étroit. Pour renouveler le marché du poisson, les pêcheurs high-tech ont déniché dans les profondeurs de nouvelles espèces de poissons et crustacés tel que le grenadier, l'empereur ou encore le sabre noir. Cependant, ces espèces sont généralement matures tardivement (50 ans) pour une durée de vie de 100 ans : le cycle de reproduction est donc trop long face à l'exploitation importante des stocks qui ne peuvent se renouveler. Une pêche excessive de ce type de poissons entraînera irréversiblement une disparition des espèces concernées.

Remarque : Il est important de prendre en compte que cette méthode de pêche en grand fond n'est rendue possible que par des subventions massives, de l'ordre de 152 millions de dollars par an, sans lesquelles elle ne serait pas viable.

Les sources hydrothermales sont l'équivalent des mines au niveau terrestre. Outre leur importance du point de vue écologique, elles offrent en quantité des minerais tels que le cuivre, le zinc, le plomb, l'argent ou encore l'or. A cette richesse, s'ajoute la présence d'hydrocarbures révélée par des forages qui arrivent à temps face à une crise et une perspective d'épuisement des stocks. Quoi de plus alléchant surtout quand la technologie avance et montre de jour en jour les capacités d'exploration de ces zones lointaines !

Le plus souvent, les fonds abyssaux situés hors des zones économiques des états côtiers, n'appartiennent à personne : ils constituent ce qu'il convient d'appeler le « Patrimoine commun de l'humanité » qu'il est nécessaire de protéger pour les générations futures.
La convention de l'ONU sur les Droits de la Mer (1982) qui définit les principes généraux de l'exploitation des ressources de la mer, est pleine de bonnes intentions. Cependant, d'autres mesures concernant la gestion des pêcheries en eaux internationales sont nécessaires pour palier l'exploitation anarchique des grands fonds. En effet, le chalutage n'est pas réglementé dans le secteur de la haute mer.
Les organismes ayant le pouvoir de contrôler cette pêche sont rares à avoir pris des mesures de réglementation pour protéger ces habitats fragiles. Citons tout de même des mesures de réglementation efficace telle que la Commission des Pêches de l'Atlantique Nord-Est et la Convention sur la Conservation de la Faune et la Flore marines de l'Antarctique qui précises l'existence de zones d'interdiction au chalutage et aux engins de pêche statiques.